染色免疫沉淀

染色免疫沉淀

chip-seq

实验原理

CHIP-seq,指的是结合位点分析法,作用为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。

将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

染色免疫沉淀

实验流程

(1)甲醛交联整个细胞系(组织),即将目标蛋白与染色质连结起来;

(2)分离基因组DNA,并用超声波将其打断成一定长度的小片段;

(3)添加与目标蛋白质特异的抗体,该抗体与目标蛋白形成免疫沉淀免疫结合复合体;

(4)去交联,纯化DNA即得到染色质免疫沉淀的DNA样本,准备测序;

(5)将准备好的样本进行深度测序。

生物信息分析流程

(1)将测序得到的短序列片段匹配到参考基因组序列上。

(2)有一部分短序列不能匹配到参考基因组上,有可能是未知的基因组序列;另一部分是能够匹配到基因组上的短序列,通常要对这些短序列进行覆盖度计算。

(3)从匹配到基因组上的短序列中进行富集区域的扫描。通常扫描到的富集区即被认为是蛋白质与DNA相互结合的区域(也有假阳性位点等的影响)。

(4)对扫描到的富集区做深度分析,包括基因,GO注释,利用基因浏览器进行可视化浏览,研究与基因结构的关系等。

染色免疫沉淀

chip-seq数据分析

实验结果展示图

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