免疫沉淀

免疫沉淀

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实验原理

染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是一种适用于研究蛋白质与生物体细胞中DNA相互作用的经典方法,这项技术帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段,研究体内转录因子和靶基因启动子区域直接相互作用的方法,对于调控蛋白在基因组上的结合靶点筛选、差异化表观遗传变异的原理揭示提供了重要的解决思路。

免疫沉淀

技术原理

在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

实验步骤

免疫沉淀

适用研究

  1. 筛选调控蛋白在基因组上的结合靶点:针对转录因子、DNA/RNA聚合酶、转录复合物等调控因子蛋白进行特异性的富集,分离纯化与之结合的靶DNA片段并测序,分析筛选到准确有效的靶位点、靶基因数据
  2. 揭示差异化表观遗传变异的原理:通过对不同表型组织内组蛋白、转录因子蛋白及其他结合蛋白进行染色质免疫共沉淀测序并定量分析靶基因表达调控水平或针对同种组蛋白进行甲基化、磷酸化、泛素化修饰所导致的结合位点变异进行分析,即可准确揭示差异化表观变异原理;
  3. 研究表观遗传变异疾病:借助染色质免疫共沉淀测序技术结合生物信息分析揭示由蛋白与DNA相互作用变异而引起的疾病的原理,明确表观遗传修饰在癌症等表观遗传变异疾病的发生发展过程中的具体作用机制。

提供结果

ChIP-DNA:分布在100~500bp范围,且主要片段在~250bp;

总量≥5ng;

Input率;

阴性对照抗体对目的片段的富集程度小于检测抗体2倍以上。

样品要求

目的基因或转录因子的相关背景资料;

动物:细胞系、低脂肪含量组织液氮速冻样本(细胞数大于5×106个);

抗体:进口IP级别抗体/非商业化标准抗体(需检测)

样品运输:干冰运输,建议用灭菌的样品袋或LoBind 管,parafilm将管口密封好。

服务周期

8周

参考文献

1.Anniina Vihervaara, et al. Transcriptional response to stress in the dynamic chromatin

environment of cycling and mitotic cells.PNAS110: E3388-E3397(2013).

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